В чемпионатах 1998 и 1999 годов команда также потерпела три поражения в первых трех турах.
В 1998 году «Моло» удалось сохранить прописку в Высшей лиге, а вот годом позже — нет: набрав всего 11 очков за сезон, команда из одноименного города покинуло элиту белорусского футбола.
В текущем сезоне подопечные Александра Храпковского уступили «Неману» (0:3) в 1 туре, во 2 разгромно проиграли «Славии» (1:4), а в 3 туре минимально уступили БАТЭ (0:1). Таким образом «Молодечно» занимает последнее, 16, место, в турнирной таблице.