52-летний Афанасенко в качестве игрока выступал за минское и брестское «Динамо», «Динамо-93», владикавказскую «Аланию», бобруйскую «Белшину» и «Гомель». Пять раз он завоевывал титул чемпиона Беларуси и однажды — Кубок.
Дважды (1996, 1997) Юрий Афанасенко признавался лучшим вратарем Высшей лиги.
Тренерскую деятельность начинал в 2006 году в «Дариде», затем работал в качестве тренера вратарей в «Витебске» и брестском «Динамо», а также в минском РГУОР.
