Защитник Пепе решил завершить карьеру в 41-летнем возрасте. Последним клубом футболиста был «Порту», где в крайнем сезоне игрок провел 34 матча, забил три гола и два ассиста.
В течение игровой карьеры Пепе поиграл за португальские «Маритиму» и «Порту», а также за «Бешикташ» и «Реал Мадрид».